Průvodce
Účetní software pro e-shop: napojení na Shoptet a sklady
Malý e-shop zvládne fakturační nástroj s napojením na Shoptet (Fakturoid, SuperFaktura), větší se sklady POHODA či ABRA Flexi. Ověřeno k červenci 2026.
Pro malý e-shop na Shoptetu obvykle stačí fakturační nástroj s napojením na platformu — z ověřených karet ho mají Fakturoid (od 182 Kč/měsíc s DPH) a SuperFaktura (od 129 Kč/měsíc bez DPH), oba s automatickým párováním plateb. Jakmile e-shop drží zásoby a roste počet objednávek, vyplatí se účetní program se sklady — POHODA (od 2 980 Kč jednorázově), Money S3 (od 2 990 Kč jednorázově) nebo cloudová ABRA Flexi (od 395 Kč za uživatele/měsíc bez DPH), která má napojení na Shoptet přímo v ověřených datech. Ověřeno k červenci 2026.
Tento článek řeší výběr softwaru pro provoz e-shopu. Pokud hledáte účetní firmu se zkušeností s e-commerce nebo potřebujete rozklíčovat DPH při prodeji do EU a režim OSS, přečtěte si Účetnictví pro e-shop: co řešit navíc a jak vybrat účetní.
Jaký software podle velikosti e-shopu
Volba se láme na jedné otázce: potřebujete plnou skladovou evidenci, nebo jen vystavit a spárovat faktury?
- Začínající / malý e-shop, pár desítek objednávek měsíčně, bez vlastního skladu (dropshipping, digitální produkty): fakturační nástroj v cloudu. Levný, rychlý, napojený na Shoptet a platební bránu. Účetnictví pak zpracuje externí účetní z exportů.
- Rostoucí e-shop s vlastními zásobami, stovky objednávek, vratky a reklamace: účetní program (nebo ERP) se skladovým hospodářstvím, který zvládne oceňování zásob, objednávky i podvojné účetnictví.
- Účtujete si sami vs. účtuje externí účetní: pokud vede účetnictví externí účetní, řiďte se tím, v čem pracuje ona — často POHODA, Money S3 nebo ABRA Flexi. Fakturační nástroj pak slouží jen jako „přední kancelář".
Rozdíl mezi kategoriemi nástrojů (fakturace vs. účetní program vs. ERP) rozebírá Fakturační nástroj vs. účetní program vs. ERP.
Fakturace pro malý e-shop (Fakturoid, SuperFaktura, iDoklad)
Fakturační nástroje řeší vystavování faktur, evidenci a párování plateb — nejsou to plnohodnotné podvojné účetnictví, ale malému e-shopu to většinou stačí, protože účetnictví dělá účetní.
Fakturoid má napojení na Shoptet přímo v ověřených integracích. Verze Zdarma zvládne základ, placené tarify jsou Na lehko za 182 Kč/měsíc, Na každý den za 256 Kč a Na maximum za 476 Kč (ceny včetně DPH, roční platba = měsíc zdarma). Automatické párování plateb je od tarifu Na každý den; sklad, platební brány (GoPay, PayPal, Braintree) a všechna podání DPH až v nejvyšším tarifu Na maximum. Fakturoid nabízí REST API a přístup pro účetního, takže dobře zapadá do spolupráce s externí účetní.
SuperFaktura má doplněk pro Shoptet a automatické párování plateb z banky. Ceny bez DPH: Zdarma (limit cca 5 kontaktů), Základní 129 Kč/měsíc, Standardní 279 Kč a Prémiový 469 Kč; při ročním placení výrazně levněji (Základní cca 480 Kč/rok). Pozor: API je až v Prémiovém tarifu, takže pro pokročilejší napojení počítejte s nejvyšší úrovní. Obsahuje skladový modul a ceník, ale nejde o účetní software — mzdy ani podvojné účetnictví neřeší.
iDoklad je další rozšířený český cloudový fakturační nástroj s API a mobilní aplikací. V našich ověřených datech ale není u iDokladu strukturovaně doložený konektor na Shoptet — pokud na něm stojí vaše rozhodnutí, ověřte aktuální stav napojení přímo u dodavatele nebo v katalogu doplňků Shoptetu. Srovnání fakturačních nástrojů mezi sebou najdete v článcích Fakturoid vs. iDoklad a iDoklad vs. SuperFaktura vs. Vyfakturuj.
Účetnictví se sklady pro rostoucí e-shop (POHODA, Money S3, ABRA Flexi)
Jakmile e-shop drží fyzické zásoby, potřebujete skladovou evidenci provázanou s účetnictvím — oceňování zásob, objednávky, vratky. Všechny tři programy níže mají v ověřených datech sklady: ano a zvládnou podvojné účetnictví i daňovou evidenci.
ABRA Flexi je nativně cloudový systém se silným REST API a v ověřených integracích má e-shopy Shoptet, WooCommerce, Upgates a Simplia, platební brány (PayU, GoPay, Global Payments) i logistiku (Balikobot, Skladon). To z ní dělá nejlépe doloženou volbu pro e-shop, který chce data napojit automaticky. Ceny bez DPH za uživatele a měsíc: Basic 395 Kč, Business 995 Kč, Premium 1 295 Kč. Basic obsahuje účetnictví, fakturaci, sklady a banku; mzdy až od Business. Cena se počítá za každého uživatele, u týmu tak náklady rostou.
POHODA (STORMWARE) je klasický desktopový program (s cloudovou/hostovanou variantou) v odstupňovaných řadách od Mini za 2 980 Kč po Komplet za 19 980 Kč (jednorázově, bez DPH, plus roční SERVIS za aktualizace). Pokrývá sklady, mzdy, majetek i podání DPH. Konkrétní seznam e-shopových konektorů ale v našich ověřených datech STORMWARE neuvádí — napojení na Shoptet u POHODY typicky zajišťují konektory třetích stran, jejich aktuální dostupnost a cenu ověřte u dodavatele. Kterou řadu zvolit, rozebírá POHODA: která edice.
Money S3 (Seyfor) je rovněž desktopový program s jednorázovou licencí: Basic 2 990 Kč, Economy 7 990 Kč, Advanced 12 990 Kč, Unlimited 19 990 Kč (bez DPH). Pozor — nejlevnější Basic nepodporuje podvojné účetnictví ani mzdy, pro e-shop s.r.o. tak míříte na Economy a výš. Výměnu dat s e-shopy Money řeší přes XML (konkrétní platformy nejsou v ověřených datech vyjmenované), bankovní napojení má na Fio, Českou spořitelnu, Komerční banku, mBank a Tatra banku. Přímé srovnání obou desktopů nabízí POHODA vs. Money S3, účetního programu vs. ERP pak ABRA Flexi vs. POHODA.
Srovnání: podpora Shoptetu, sklady a párování plateb
Tabulka shrnuje ověřená data z karet. „Shoptet (ověřeno)" znamená, že konektor je uveden přímo ve strukturovaných integracích produktu; u ostatních napojení existovat může přes třetí strany, ale nemáme ho doložené.
| Software | Typ | Shoptet konektor | Sklady | Párování plateb | Cena od |
|---|---|---|---|---|---|
| Fakturoid | fakturační nástroj | ano (ověřeno) | ano (tarif Na maximum) | ano (od Na každý den) | 182 Kč/měs s DPH |
| SuperFaktura | fakturační nástroj | ano (ověřeno) | ano | ano | 129 Kč/měs bez DPH |
| iDoklad | fakturační nástroj | neověřeno | — | ano | ověřte u dodavatele |
| ABRA Flexi | účetní program (cloud) | ano (ověřeno) | ano | ano (přes banku/API) | 395 Kč/uživatel/měs bez DPH |
| POHODA | účetní program (desktop) | neověřeno (konektory 3. stran) | ano | ano (homebanking) | 2 980 Kč jednorázově |
| Money S3 | účetní program (desktop) | neověřeno (XML výměna) | ano | ano (homebanking/API) | 2 990 Kč jednorázově |
Ceny fakturačních nástrojů kombinují režim s DPH (Fakturoid) i bez DPH (SuperFaktura) — při porovnávání to zohledněte. Desktopové programy se platí jednorázově, ale připočtěte roční aktualizace; rozdíl mezi cloudem a desktopem řeší Cloud vs. desktop účetní software.
Párování hromadných výplat bran a marketplace
Platební brána (GoPay, Comgate, Stripe, PayPal) i marketplace (Heureka, Allegro) obvykle posílají jednu hromadnou výplatu za mnoho objednávek, po odečtení poplatků. Klíčová schopnost softwaru je tuto výplatu rozpárovat na jednotlivé objednávky a správně zaúčtovat poplatky, dobírky, zádržné a vratky.
Fakturoid i SuperFaktura automatické párování plateb z banky umí; u Fakturoidu je v tarifu Na každý den a výš. Účetní programy (POHODA, Money S3, ABRA Flexi) párují přes homebanking a bankovní napojení. Ruční párování stovek plateb je zdlouhavé a chybové — proto u rostoucího objemu objednávek dává smysl buď konektor mezi Shoptetem a účetním systémem, nebo účetní se zkušeností s e-commerce, který má proces nastavený.
Rozhodovací kritéria
- Držíte fyzický sklad? Ano → účetní program se sklady (ABRA Flexi, POHODA, Money S3). Ne (dropshipping, digitál) → stačí fakturační nástroj.
- Kolik objednávek měsíčně? Do desítek → cloud fakturace. Stovky a víc → automatizované napojení a plné účetnictví, jinak párování plateb zahltí kapacitu.
- Napojení na Shoptet. Nejlépe doložené je u Fakturoidu, SuperFaktury a ABRA Flexi. U POHODY a Money S3 ověřte konektor u dodavatele předem.
- Účtujete si sami, nebo přes účetní? Řiďte se tím, v čem pracuje vaše účetní — kompatibilita exportů ušetří nejvíc času.
- DPH a prodej do EU (OSS). Software sám za vás daňový režim nevyřeší. Přeshraniční DPH, limit 10 000 EUR a režim OSS řeší samostatný článek o účetnictví pro e-shop — jde o daňové téma, aktuální stav ověřte u Finanční správy nebo s daňovým poradcem.
Pokud e-shop poroste do rozsahu s vlastní logistikou, více sklady a napojením na výrobu či WMS, zvažte plný ERP systém — jak ho vybrat, popisuje ERP systémy: jak vybrat. Přehled všech nástrojů najdete v katalogu účetního softwaru.
Časté otázky
Jaký účetní software se hodí pro e-shop na Shoptetu?
Pro malý e-shop bez skladu fakturační nástroj s ověřeným napojením na Shoptet — Fakturoid (od 182 Kč/měsíc s DPH) nebo SuperFaktura (od 129 Kč/měsíc bez DPH). Pro e-shop se zásobami účetní program se sklady: ABRA Flexi (má Shoptet přímo v integracích), POHODA nebo Money S3. Ověřeno k červenci 2026.
Který software má ověřený konektor na Shoptet?
Ve strukturovaných integracích mají konektor na Shoptet doložený Fakturoid, SuperFaktura a ABRA Flexi. U POHODY a Money S3 v našich ověřených datech konkrétní Shoptet konektor uveden není — napojení obvykle zajišťují řešení třetích stran, ověřte je u dodavatele.
Potřebuje e-shop plné účetnictví, nebo stačí fakturační nástroj?
Záleží na skladu a objemu. Bez vlastních zásob a s pár desítkami objednávek měsíčně stačí fakturační nástroj a účetnictví zpracuje externí účetní z exportů. S vlastním skladem, stovkami objednávek a vratkami potřebujete účetní program se skladovou evidencí (ABRA Flexi, POHODA, Money S3).
Kolik stojí software pro e-shop?
Fakturační nástroje: SuperFaktura od 129 Kč/měsíc bez DPH, Fakturoid od 182 Kč/měsíc s DPH. Účetní programy se sklady: ABRA Flexi od 395 Kč za uživatele/měsíc bez DPH (cloud), POHODA od 2 980 Kč a Money S3 od 2 990 Kč jako jednorázová licence bez DPH plus roční aktualizace. Ceny ověřeny k červenci 2026.
Jak software řeší párování plateb z platební brány?
Brána posílá hromadnou výplatu za více objednávek po odečtení poplatků. Software s automatickým párováním plateb (Fakturoid od tarifu Na každý den, SuperFaktura, účetní programy přes homebanking) tuto výplatu rozpáruje na jednotlivé objednávky a zaúčtuje poplatky i vratky, což u vyššího objemu šetří hodiny ruční práce.
Řeší účetní software DPH při prodeji do EU a OSS?
Software poskytuje nástroje pro evidenci a podání, ale daňový režim za vás nevyhodnotí. Přeshraniční DPH, limit 10 000 EUR pro prodej do EU a režim OSS jsou daňové téma — základ vysvětluje článek o účetnictví pro e-shop a aktuální stav ověřte u Finanční správy nebo s daňovým poradcem.