Účetnictví pro e-shop: co řešit navíc a jak vybrat účetní

Účetnictví e-shopu se od běžného liší tím, co přibývá navíc: DPH při přeshraničním prodeji koncovým zákazníkům do EU (režim OSS se uplatní po překročení ročního limitu 10 000 EUR za prodej do všech ostatních států EU dohromady), párování plateb z platebních bran a marketplaces, skladová evidence a napojení účetnictví na e-shopovou platformu. Kvůli tomu se u e-shopu vyplatí účetní se zkušeností právě s e-commerce — v našem katalogu 430 firem jich 26 uvádí specializaci na e-shopy. Následující text shrnuje, co řešit navíc a podle čeho vybírat, u daňových tvrzení s odkazem na oficiální zdroje (ověřeno k červenci 2026).

Co u e-shopu přibývá oproti běžnému účetnictví

DPH při prodeji do EU a režim OSS

Nejvíc specifik přináší DPH u přeshraničního prodeje zboží koncovým zákazníkům (B2C) do jiných zemí EU. Podle Finanční správy platí zjednodušeně toto:

• Dokud součet vašich přeshraničních prodejů zboží na dálku do všech ostatních států EU (mimo ČR) nepřekročí 10 000 EUR za kalendářní rok, můžete uplatňovat českou DPH jako u tuzemského prodeje.
• Po překročení limitu 10 000 EUR vzniká povinnost odvádět DPH ve státě spotřeby (tj. tam, kam zboží putuje). Abyste se nemuseli registrovat k DPH v každé zemi zvlášť, slouží režim OSS (One Stop Shop) — DPH z prodejů do celé EU pak přiznáte a odvedete jedním hlášením v ČR (OSS spravuje Finanční úřad pro Jihomoravský kraj). Registrace do OSS je dobrovolná alternativa k registraci v jednotlivých státech.
• Pozor: limit 10 000 EUR musí hlídat i neplátce DPH — po jeho překročení se povinnosti týkají i vás.
• Samostatná pravidla platí pro dovoz zboží ze třetích zemí (např. dropshipping z Číny), kde existuje zvláštní dovozní režim pro zásilky do 150 EUR.

Tato pravidla jsou zjednodušená a nejde o daňové poradenství — konkrétní situaci (sazby v jednotlivých zemích, okamžik registrace, evidence) proberte s účetní nebo daňovým poradcem. Nezávisle na tom platí i tuzemská hranice pro povinné plátcovství DPH: obrat 2 000 000 Kč za kalendářní rok (ověřeno k červenci 2026 dle Finanční správy).

Platební brány, marketplaces a párování plateb

E-shop typicky inkasuje přes platební bránu (GoPay, Comgate, Stripe, PayPal) a často i přes marketplaces (Heureka, Allegro, Amazon). Účetní musí umět spárovat hromadné výplaty brány s jednotlivými objednávkami, správně zaúčtovat poplatky brány, dobírky, zádržné marketplace a vratky. Ruční párování stovek plateb je zdlouhavé a chybové — proto se cení napojení a automatizace.

Sklady, pořizovací ceny a vratky

Kdo drží zásoby, řeší skladovou evidenci, oceňování zásob a účtování prodané zboží. K tomu u e-shopu přibývají vratky a reklamace (v e-commerce běžné) a jejich správné promítnutí do DPH a výnosů.

Napojení účetnictví na e-shopovou platformu

Ideálně data tečou z e-shopu (Shoptet, WooCommerce, Shopify) do účetního systému automaticky. Účetní specializovaní na e-shopy proto obvykle pracují v konkrétních programech — v katalogu například Delegovat.cz uvádí napojení na Shoptet, LiberTAX a Jan Šimr účtují v POHODA, FISA v ABRA Flexi a Veronika Svatošová v Money S3.

Unikátní data z katalogu: kdo se na e-shopy specializuje

Z 430 účetních firem v katalogu jich 26 výslovně uvádí specializaci na e-shopy. Pokrývají různé profily klientů:

• Ryzí specialisté na e-commerce: Účetnictví pro e-shopy (Ing. Magda Němcová) cílí přímo na e-shopy a digitální platformy; Virtuální účetní obsluhuje e-shopy, IT služby a digitální nomády bezpapírově.
• Firmy s konkrétním systémem: viz výše — volba účetního bývá provázaná s tím, v čem váš e-shop účtuje.
• Firmy s veřejným ceníkem: LiberTAX uvádí účetnictví od 3 500 Kč měsíčně (pro 1–100 dokladů) a daňovou evidenci od 1 800 Kč; FIVO účtuje OSVČ od 3 999 Kč a větší firmy od 13 999 Kč měsíčně. U e-shopů ale cena silně závisí na počtu objednávek a rozsahu DPH agendy, takže řada firem účtuje individuálně.

Jak vybrat účetní pro e-shop

1. Ptejte se na zkušenost s e-shopy konkrétně — ne obecně „ano, umíme". Kolik e-shopů vede, jestli řeší OSS a prodej do EU.
2. Ověřte napojení na vaši platformu (Shoptet, WooCommerce, Shopify) a na vaši platební bránu — kvůli automatizaci párování.
3. Proberte DPH scénář: jste plátce? Prodáváte do EU? Blížíte se limitu 10 000 EUR? Dropshipping ze třetích zemí?
4. Zjistěte cenový model — u e-shopu bývá cena za doklad nebo pásmová podle počtu objednávek relevantnější než paušál.
5. Prověřte identitu a reference — IČO, sídlo, zda přijímá nové klienty.

Přehled firem podle specializace i lokality najdete v katalogu, například účetní v Praze nebo v Brně; u online spolupráce ale můžete vybírat napříč celou ČR.

Časté otázky

Kdy musí e-shop řešit DPH při prodeji do EU?

Dokud přeshraniční prodej zboží koncovým zákazníkům do všech ostatních států EU nepřekročí 10 000 EUR za kalendářní rok, uplatňujete českou DPH. Po překročení limitu vzniká povinnost odvádět DPH ve státě spotřeby — nejsnáz přes režim OSS, kde vše přiznáte jedním hlášením v ČR. Limit hlídejte i jako neplátce. Ověřeno k červenci 2026 dle Finanční správy; jde o zjednodušení, konkrétní situaci řešte s účetní.

Co je OSS a musí ho e-shop mít?

OSS (One Stop Shop) je zvláštní režim, který umožňuje odvádět DPH z přeshraničních B2C prodejů do EU jedním hlášením v ČR místo registrace v každém státě. Registrace je dobrovolná — je to alternativa k tomu registrovat se k DPH v jednotlivých zemích. Relevantní se stává po překročení limitu 10 000 EUR.

Kolik stojí účetnictví pro e-shop?

Podle profilů v katalogu se ceny pohybují řádově od jednotek tisíc korun měsíčně (např. LiberTAX účetnictví od 3 500 Kč, FIVO od 3 999 Kč), u větších e-shopů výš. Cena silně závisí na počtu objednávek, rozsahu DPH agendy a napojení systémů, proto řada firem účtuje individuálně nebo za doklad.

Potřebuje e-shop speciální účetní?

Ne nutně speciální, ale se zkušeností s e-commerce ano. Navíc oproti běžnému účetnictví řeší DPH při prodeji do EU, párování plateb z bran a marketplaces, sklady a napojení na e-shopovou platformu. V našem katalogu má specializaci na e-shopy 26 z 430 firem.

Jak se účtují platby z platební brány?

Platební brána obvykle posílá hromadné výplaty za více objednávek najednou, po odečtení poplatků. Účetní musí tyto výplaty spárovat s jednotlivými objednávkami, správně zaúčtovat poplatky brány, dobírky a vratky. Proto se u e-shopů cení napojení účetního systému na bránu a e-shopovou platformu, které párování automatizuje.